消除水块是玩家在建造或改造地形时经常需要处理的问题。最简单直接的方法是使用海绵，海绵能够快速吸收周围的水块，是最有效的清除工具之一。玩家可以通过探索地下或击败特定敌怪获得海绵，使用时会立即吸收接触到的水块，适合小范围的水体清除。对于大面积水域，则需要多个海绵或结合其他方法共同处理。
另一种常见方法是利用水泵系统进行排水。玩家可以制作入水泵和出水泵，通过电线连接形成排水通道，将水从需要清除的区域转移到其他位置。这种方法适合大规模水域的清除，尤其是当玩家需要保留水资源时。入水泵负责抽取水块，出水泵则在另一端将水排出，合理布置电线长度和泵的位置是关键。需水泵系统需要一定的空间和材料准备，适合中后期玩家使用。
挖掘引导法也是消除水块的有效手段。玩家可以在水体下方挖掘通道，让水自然流入更深的区域或地下空隙。这种方法不需要特殊工具，但需要一定的挖掘技巧和耐心。关键在于规划好水流路径，确保水能完全排干而不滞留在目标区域。对于大型水体，可以结合爆炸物快速开辟排水通道，但要注意控制爆炸范围以避免破坏建筑结构。
使用岩浆与水接触产生黑曜石是清除深层水体的特殊方法。当岩浆与水相遇时会生成黑曜石，从而永久消除水块。这种方法适合处理难以排干的深层水体或洞穴积水，但需要精确控制岩浆量以避免过度扩散。玩家需要用桶装取岩浆后小心倾倒，建议先在小范围测试效果。生成的黑曜石可以用镐挖取回收，实现资源再利用。
对于药水制作区域的小量积水，可以用空桶手动清除。玻璃瓶装水后可以转化为瓶装水用于酿造，这是兼顾资源利用的清除方式。玩家需要准备多个空桶或玻璃瓶，逐格收集水块。虽然效率较低，但操作简单且无需额外材料，适合处理精确区域的少量积水。注意该方法无法用于消除大范围水体。
在特殊情况下，利用宝箱的液体排斥特性也能辅助清除水块。当玩家在水下放置宝箱时，箱体会自动排斥周围的水形成无水空间。虽然不能直接消除水块，但可以创造临时无水区域方便施工。结合其他清除方法使用效果更佳，这种技巧常用于水下建筑的修建或维修。需要注意宝箱放置后需要手动移除残留水块。
